Основная задача системного мышления правильно и целостно  (системно, максимально полно)воспринимать окружающий мир, целостно осмыслить наблюдения и осознать законы и закономерности материального и нематериального мира, научиться пользоваться этими законами и закономерностями в своей деятельности и, в первую очередь, при создании и управлении сложными системами.

У многих крупных специалистов, как в России, так и за рубежом, сложилось свое системное мышление в виде привычки мыслить так, чтобы видеть целостную картину объекта или процесса. Системному мышлению значительно помогает человеческая интуиция и неявное знание.

Если для новых объектов исследования, имеющиеся модели не достаточны, тогда системное мышление (в совокупности: целостный подход, интуиция и неявное знание) человека способствует разработке новых более эффективных моделей. Пока в науке отсутствует количественная мера уровня системного мышления человека, однако можно утверждать, что системное мышление достигло такого уровня развития, что при существующих когнитивных моделях часто может справиться с качественным анализом сложных технических, социально-экономических, психических проблем.

Системное мышление с преобладанием факторов интуиции и неявного знания использует методы как индуктивного, так и дедуктивного системного мышления. Если более привычное дедуктивное мышление подразумевает, что сначала определяются комплексные системные проблемы, а затем находятся комплексные решения этих проблем, то при индуктивном системном мышлении, наоборот, сначала находится новая идея или принципиальное новое комплексное решение, а затем это решение стремятся применить к соответствующей проблеме. 

Парадокс системного мышления заключается  в парадоксе целостности и иерархичности.  Парадокс целостности заключается в том, что  решение задачи целостного описания данной   системы возможно при решении задачи  «целостного» расчленения исследуемой системы  на такие минимальные элементы системы, которые еще сохраняют свойство целостности исследуемой системы. Тогда целостное свойство принадлежит  как системе в целом, так и ее составным  элементам.

Парадокс иерархичности заключается в том, что описание любой целостной системы возможно

как элемента или подсистемы более высокого ранга системы (надсистемы).

Очевидно, что эффективность системного мышления, тем выше, чем к более сложной и слабоформализуемой системе оно применяется. Системное мышление в наибольшей степени нашло отражение в современных методах программирования, в информатике и телекоммуникации, психологии, биологии, философии.